FakturaOnline.cz rozlišuje plátce a neplátce DPH a automaticky mění formulář podle toho, jakou z možností klient při vytváření faktury vybere.
Každý podnikatel ví, do jaké kategorie spadá. Případně pokud jsou vystavovány faktury za více subjektů z jednoho účtu, je možnost v úvodu při vytváření faktury v sekci Základní údaje vybrat v kolonce Druh faktury i z více druhů faktur.